Uppsala universitet kunde skaffa sig ett eget boktryckeri år 1613 då boktryckaren Eskil Matsson fick fullmakt som universitetets boktryckare.
Academie Boktryckeriet låg (enligt Annerstedt) ursprungligen i det gamla domprosthuset, den gamla byggnad som låg där ärkebiskopsgården nu ligger. Tryckeriet måste lämna detta 1638 och inrymdes först i det gamla kommunitetshuset (på tomten mellan Rundelsgränd, nuvarande S:t Olofsgatan och S:t Larsgatan) för att någon gång kring 1654 flytta till en mindre byggnad på Gustavianums gård. Efter eldsvådan år 1702 flyttade det upp i universitetets stallbyggnad och var nu det enda tryckeriet i staden.
År 1701 skrevs kontrakt med Johan Henric Werner, ägare av det Kongl. Tryckeriet i Stockholm. Han fortsatte som akademietryckare, dock utan att flytta till Uppsala, till sin död år 1733. Hans änka tog därefter över verksamheten till 1748 då en son gick in. När denne son dog övertogs tryckeriet i sin tur av prof. Ziervogel som förblev akademins boktryckare fram till 1765 då boktryckarfamiljen Edman trädde in. Först drevs verksamheten av Johan Edman. Under åren 1791-1794 skedde det i änkan Catharina Elisabeths namn och därefter av sonen Johan Fredric.
1810 köpte Vilhelm Fredrik Palmblad tryckeriet tillsammans med sin studiekamrat Axel Stenhammar. Palmblad stod kvar som delägare, tillsammans med olika andra delägare, fram till 1836 då tryckeriet överläts till Sven Peter Leffler och dennes måg Frans Wictor Sebell. Leffler hade redan tidigare ett eget privat tryckeri i staden. Det sammanfördes med Akademitryckeriet som kom att drivas under namnet Leffler och Sebell.
Efter några år i slutet av 1860-talet under J W Schultz övergick ägandet 1869 till Edvard Berling (1845-1919) som tillhörde den svensk-danska boktryckarsläkten med detta namn.
Verksamheten bedrevs i universitetets gamla 1700-talshus med adress Västra Ågatan 24. Här låg universitetets kemiska institution fram till 1859 och möjligen drog Berlings in sedan kemin flyttat till den nya byggnaden i Engelska Parken. Senare hamnade det beryktade Rasbiologiska institutet i byggnaden.
År 1918 köptes företaget till sist av Almqvist & Wiksells.
